SelenoDB
Release 2.0
Chart Advanced
Transcript Report for SPT00003239_2.0
Identity
TranscripttRNA Sec 1 associated protein 1 (SECp43)
SpeciesIctalurus punctatus (Channel catfish)
Transcript IDSPT00003239
Transcript release2.0
External IDNone
Gene SPG00003117_2.0
Annotation
Prediction method(s)
(Selenoprofiles, Ensembl 68) [Report annotation error]
OrientationForward
Structure gene structure

FeatureCol PromoterCol Coding exonCol Non coding exon (UTR)Col IntronCol SECIS
ResidueCol SecCol Cys or Other

ToolboxFull length   Spliced   5UTR   CDS   3UTR    
Sequence
>SPT00003239_2.0 # Transcript # tRNA Sec 1 associated protein 1 (SECp43) # Channel catfish (Ictalurus punctatus) # Full length # Forward
ATGACAAGTCTGTGGATGGGCGATGTAAGTATCAGCATTTCTTTTAGACGTTTGCAACAT
GTGCTAGTAAAGCTAGCTAACTTCAGCTAGCCAGTTCAGTGATAGACAAGCGCTACGCAG
CTAGCAGCTGATGTGTTTTTAGAGCAGTTTAAACTGGACAAAGAACTACTGTATTGCGCA
GTTTGTGCTTCTCACCGTCTGACGGTGTTAGTTGAGAATGCGAGTTAAACACGAACCACG
GTGCGATTTAGTGCATTATTATTAGACCATTTACTGGCTTTCGTTGGCCTGTTTAGCTGT
CGTGAGCCCAGTTTAGTCGGAGAAGCCATGCGCTTCAAAAGTATGAGATTACAGCTCGCT
ATTGCATCGCTTTTTATTTTATATTTTATATAACTCTTGTGCGTCAATTAAAAAGTCTCA
CATACAGGTCCATAGAGGACAAAAATACCCATGTCCAAAAACTGTCATAAAAATACTATA
TAAAAAAATTTTCCACTTTCACGGCACTCACTGGTTTGTTTACATAATGCCACATCTTTT
TTTCTTATGAAAAAAGAAAAATAGTAATTATTTTCCATATAGTAAATGCTGAGCAGATTT
TTTTTCTTTTGATTATTAGTCTTTTGATGTCACTGATTAACAGCATTAATTTTAATGCAT
TCAATTTTTTGGGGTGGAAATATACAGGTTAAAAAGTCTGATCATGGTTTAAAAGAAAAA
AGTATATTAATGTAAGTCTAGTTTTCTAAGCTTTGTCAAGGAAATTGGTAAACATCATAA
TGACACACAGTGTGATTCACTATATATGGCCACTACATGACCCATATGTTGTTCTTTCCC
AAGCTGTTCTCACAAAGTTGCACATGACAATATTGTATAGGATGTCTTTGTATGATGTAA
ACTTACAATTTACTTACTTACTGGAAGTAAGAGTCCCAAACATGTTCCAGTATGACAACG
CCCCTGTGCACAAAGCGAGCTCCCTGAAGGCATGGTTTTCTAATGTTTGAGTGGAGGAAC
TCGAGTGGCCTGCACATAGCCTGACCTCAACCCCGCTGAACAGCTTTTGGGATGAACTGG
AATGCTGACTATGTGCCAGTTCTTCTCACCCTAAATTAGTGCCTGATCTCACTAACGCTC
TTATGGCTGATTGTACGCACATCAGCGCAGCTGCACTCCAAATTCTAGTGTGGCGGTTCT
TATAACAGCAACAGGAGATTAAATCTGGAAGGTTTAAAAAGCGCACATGGGTGTGATGGT
CAGGTGTCCACAAACGTCTAGCCATATATTGTACATAAAGAAGCCAACTTTTCAGGGATA
TATGCCATTAACATCATTATATTCTACACATCAAATTTTAAAAACCGACAGGCAGACTAC
AATATTTGAGATTTTTCTCTCTTTTATATCAGCTGTTATGTACTGAAGGTTTTGGCAAAT
GTTTAAAAAAATTCCTTTTTTTTTGAGAATGAAAAGATAAGTGGTTCTTAACGCCTGTTA
ATGAGTTTAATGTGTCTTACAGTTAGACCCATACATGGATGAAAATTTCATCAAACAAGC
TTTCAGCACTATGGGGGAGACGGCATACGGGGTGAAAATTATAACACACCGGGTAACAGG
GTAAGTGTTTTTTGATTTCTGTTAACAAATCTGTCATGCTTTTTATTTATTTATTTTTTT
AAGTGTTTTTTCATGATGTTGATTCCCTACAGAGGCTCTGCGGGATATTGTTTTGTAGAA
TTGGCAGATGAAGCCAGTGTTGACCGGTGTGTCCAGAGGCTCAATGGCAAGCTTGTTCCA
GGATCAAATCCTGTAAGTGACTAACTTTATGCCCTTACTTACTTACTTACTTACTTACAG
GGTGTCTGCAGGTCCTTAAAGTCTTACTATGTCTTAAATTCCTTAATGTAAAAATAAAGC
CTTAATTAGCATTAAAATGTCTTGAATTCGTGTTTCAAAGGTCTTAAAAATACAACCAAA
CCGACACAGTAAAGAAGATTTAGATTTTATTTTGTCTCGTTGCTGTTTGACATGGTAAAC
CCGTGTCTCTGTGTTGCACTCTGTGTGTGCAGCTCATTAGTGTTTTAGAGCGGCTCAGTT
CACAGTAAACGCCGCTCCACACCTTCATTTCTGTCTGTGCTGTAAGTTTGAGTCGCTTAT
AAAATGCATTTAGACACAACACACACCAGATTTACTTTGGTTTTATGTTGGCATAATCTC
AAATATTTTTGTAGGCAGAGGTTTACAGCACTTCACCTGATTGGTAATGAGAAGTGAATT
TTAAAAAACTGTTGCCAACTAAATGGAGGTCTTCCTGCGATTTTCCACCAAAATAAAAGC
CACAGTGTGTAACACAAGTGAATTAAGTCAGAAATATATTACTATTGTTATATTAATATT
TGTAATATGCAAGGGGGTTGTAATACAGCTGCTGAGGGAGTGATGGTAAAATTGACATCT
TTTTCTCTTCTGACTGCCGTTATCTTTCTATCTCTCTCTCTCTGAAAGTCATGAAAAGGA
AATACTGGATATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCTTTCTCTCCTCTCTTTCATTGTTGGA
GCAAATGGTAATCCAAAAAGTATATTTGCTCTGCTCTCCCATATACCTCTATAGAATTTT
ACCCTGCTATTGTTTTCTTAAACCCAGAAATGGATGTATATACACAAACACAATCTATTA
TAGTTGATGTATTGTGTAGCATGATTGAAGTGACATGCAGGTCTTAATTTTTTTGTAAAT
GTCTTGAATGTGGTATTAAAGTATTAAATTTGAAGTGCTGATACCCTGTTTTAACAATCT
TTTTCTATTTTAATTTAGATTCATTATAGATTCTTTTATCTAAAGCATGACCCCCACGTT
GAAGTACAGACAGTATCAGTCAAAAGTTTGGACACCTACTTTCATCATCATAATAATAAT
AATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATCCTATATAGCACCTCTTATACATT
TAAAATGCAACTGTGCTTTACAGTGGGAAGAAAAATGGAAATAAAGAAAAGATATCTTAA
GAAATCTAAGACTAGCTCAAAGAGCTTGTTGTCCAAGAGAAGAGACGAATGACTGCCGCG
TTCCTCCTAACTGCGTTGCTTGGGTTCAGGCACCAGCCTCTGCCCTGTGGCTGAAGTTTC
TACAGGCCTTGGGTGGCATCTTCACTGTCTTTTCCTTTTTAAAATACATGGCCACGCACA
GCGGCATTGCTAAACTGATGATCTAGCATGCACAAATTATAGCAGCGTCCAGCTTTGGTG
GAATCCCAGTTGGTTTAATGTCTGACGTTGACATGGTGTGTTTTAAATCAGGACAGATGA
TGTCATTGACTGTCGTCCCCGCAGCCACCATCTGCTGATTCGGTGATTGAAATCTGCTGC
TCCACTTAATTCTCTGATGGCTGTAACTGTTGAATGTTTCTGCAGAGCAAGGAAGACCGG
TATCTCTTTCTGTAGGTTCTTCTCCTTTACTGCACTGTTGGACACAGAAGGAGCAGGATT
CATCTCCATGCTGAAATCCTTGAGCACACACACAGTCACTCACTGTATCACCGGCAGTGT
AGAGCTGCTTCACGCTCAGACTTAAGCATTCAGTGCATCTTTTGCAGAACATGGCAGTAT
AGGTAGCAACTATTTCTCAGCTTTTTTCAGCAGTTTCATGAGGAAATAGCTGTACTGCTT
GTGCATTAGTCTTAAAAACATTCCCTCACATGCTTTGCATGACTCTGTTGCATTTTGAGT
TCTAAGGAAATCAAGCCTTTTCATGGTGGTAGGGTGTTTAAAAAGCAATCTAAAATATAA
TTTTTTTGTTTTGGAAATAAATCATGCATCAATTTTATTATTTGTCTTAAACGAGTGATC
ACAGGTTCAGGCACGGCTATAAAACATTGGTTTTAGGCCAACATAGCAGCACTTGTCCTT
CCTCCCATTCCTACTTTAAGATGTGAAGCGCATAGATTTAATCAGATGTGTCCAAACTTT
TAGCTGGTGGTGTTTTTGAACACAGTTCCATGTATGATTAGTATATAATGACATTGTTTG
AAGCTGGTGAATAAACTGGTCAGTGTTAGGAATGAATGAATAAAGCCTGTACTGAGTGAT
GGAGGGATGTAATCATATGTATGTTCATTTTCTCTACTTTCCTGAGAACTAGGTCCTTCC
TTTCAGGAAGTTTTTTTTCTTCTGTATTTTAATGATTGTATTATTTAACTTTATTCTTTT
TTTTTCTTTCTTTTTTTTTTTTATTATATACTTTTAGCCCAGAAAGTTCAAGCTGAATTA
TGCAACATATGGGAAAAGGCCTGAGCCTGGGTGAGTCAGCATTTATTTGTTTATCTATTC
AAGTTACTTATTTTTTTTTCTTTCTTGAGTATAAAACTCTCACCTTCCAAAATATGTTCT
GATTTCTTAGGCCTGAATTTTCTGTCTTTGTTGGAGACCTGACGCCAGAAGTCGATGATT
ATCAGCTACATCAGTTCTTTCTGAAAAAATACCCTTCATGCAAAGGAGCCAAAGTTGTCA
CTGATCCCTATGGAAATTCAAAG
Chart Advanced